We will be offering mothur and R workshops throughout 2019. Learn more.

List file

From mothur
Jump to: navigation, search

The file ending in "list" contains data indicating the sequences that cluster together within an OTU. Like the rabund and sabund files, the first column represents the distance that sequences were assigned to OTUs. If you are making your own rabund file you can make the label anything without spaces. The number in the second column is the number of OTUs that have been formed. Subsequent columns contain the names of sequences within each OTU separated by a comma. At this time these are not sorted according to any rule.

Sample output of 98_sq_phylip_amazon.fn.list, which can be download in the AmazonData.zip file:

unique	96	U68589	U68590	U68591	U68592	U68593	U68594	U68595	U68596	U68597	U68598	U68599	U68600
	U68601	U68602	U68603	U68605	U68606	U68607	U68608	U68609	U68610	U68611	U68612	U68613	U68614
	U68615	U68616	U68617	U68620,U68618	U68619	U68621	U68622	U68623	U68624	U68625	U68626	U68627
	U68628	U68629	U68630	U68631	U68632	U68633	U68634	U68635	U68636	U68637	U68638	U68639	U68640
	U68667,U68641	U68642	U68643	U68644	U68645	U68646	U68647	U68648	U68649	U68651	U68652	U68653
	U68654	U68655	U68656	U68657	U68658	U68659	U68660	U68661	U68662	U68663	U68664	U68665	U68666
	U68668	U68669	U68670	U68671	U68672	U68673	U68674	U68675	U68676	U68677	U68678	U68679	U68680
	U68681	U68682	U68683	U68684	U68685	U68686	U68687	U68688	
0.00	95	U68589	U68590	U68591	U68592	U68593	U68594	U68595	U68596	U68597	U68598	U68599	U68600
	U68601	U68602	U68603	U68605	U68606	U68607	U68608	U68609	U68610	U68611	U68612	U68613	U68614
	U68680,U68615	U68616	U68617	U68620,U68618	U68619	U68621	U68622	U68623	U68624	U68625	U68626
	U68627	U68628	U68629	U68630	U68631	U68632	U68633	U68634	U68635	U68636	U68637	U68638	U68639
	U68640	U68667,U68641	U68642	U68643	U68644	U68645	U68646	U68647	U68648	U68649	U68651	U68652
	U68653	U68654	U68655	U68656	U68657	U68658	U68659	U68660	U68661	U68662	U68663	U68664	U68665
	U68666	U68668	U68669	U68670	U68671	U68672	U68673	U68674	U68675	U68676	U68677	U68678	U68679
	U68681	U68682	U68683	U68684	U68685	U68686	U68687	U68688	
0.01	93	U68589	U68590	U68591	U68592	U68593	U68594	U68595	U68596	U68597	U68598	U68599	U68600
	U68601	U68602	U68603	U68605	U68606	U68607	U68608	U68609	U68610	U68611	U68612	U68613	U68614
	U68680,U68615	U68616	U68617	U68620,U68618	U68619	U68621	U68622	U68623	U68624	U68625	U68626
	U68627	U68628	U68629	U68630	U68636,U68631	U68632	U68633	U68634	U68635	U68637	U68638	U68639
	U68640	U68667,U68641	U68642	U68643	U68644	U68645	U68646	U68647	U68648	U68649	U68651	U68652
	U68653	U68654	U68655	U68656	U68657	U68658	U68659	U68660	U68661	U68662	U68663	U68664
	U68688,U68665	U68666	U68668	U68669	U68670	U68671	U68672	U68673	U68674	U68675	U68676	U68677
	U68678	U68679	U68681	U68682	U68683	U68684	U68685	U68686	U68687	
...